Uppsala slottslän utgjordes av de närmast Uppsalastad belägna häradena Ulleråker och Vaksala samt av de norrut därifrån belägna Norunda och Olands, liksom av gamla Vendels, Tierps och Våla härader.
I Uppsala fanns Upplands regemente som uppsattes 1626 och leder sitt ursprung till Upplandsfänikan från 1557. År 1617 organiserades de små enheterna till Upplands storregemente, som år 1623 splittrades i tre regementen där ett var Upplands regemente. Regementet deltog i stort sett alla svenska krig. Det kallades Upplands infanteriregemente åren 1904–1927 för att skilja det från Upplands artilleriregemente (A 5) som då också var förlagt i Uppsala. Den 30 april 1957 utgick Upplands regemente ur både freds- och krigsorganisationen.
Den 1 juli 1943 sattes även Upplands flygflottilj (F 16) upp i Uppsala och samgrupperades där med Flygvapnets Uppsalaskolor (F 20).